Nemuno versmės yra simboliškos, nes į nuo seno Nemunu vadinamo upelio aukštupį ties 25 km nuo versmių (baseino plotas 121 km²) iš dešinės pusės įteka daug didesnė ir vandeningesnė Usa (ilgis 104 km, baseino plotas 1316 km²).

     Nemunas yra vandeningiausia Lietuvos upė – vidutinis daugiametis debitas ties Sovetsku (Tilže) yra 612 m³/s.

Didesnės raiškos žemėlapis

Svarbiausi mažieji intakai:

• Peršėkė, įtekanti į Nemuną ties Balbieriškiu. Baseinas yra Vidurio Lietuvos žemumos ir Baltškųjų aukštumų sąlyčio zonoje. Baseino paviršių daugiausiai dengia vidutinės ir sunkios mechaninės sudėties gruntai. Sausinant žemes ištiesinta daug upelių (apie 65 % jų suminio ilgio). Ežeringumas 7,6 %, didžiausi ežerai – Metelio ir Obelijos (atitinkamai 12,9 ir 5,8 km²).

• Verknė, įtekanti į Nemuną žemiau Birštono. Ežeringumas 2,2 %, miškingumas 19 %, pelkėtumas 11 %, baseino paviršių dengia vidutinio sunkumo gruntai (jie užima 57 % baseino ploto).

• Strėva, įtekanti į Kauno marias. 72 % baseino ploto dengia vidutinio sunkumo gruntai, 20 % - lengvos mechaninės sudėties gruntai (jų daugiausia aukštupyje). Baseinas itin ežeringas (5,5 %), didžiausi ežerai – Ilgų (1,44 km²), Margis (1,27 km²), Spindžius (1,19 km²). Užtvenkta (Elektrėnų marios).

• Jiesia, įtekanti į Nemuną žemiau Kauno marių. 63 % baseino paviršiaus dengia sunkios mechaninės sudėties gruntai su blogomis filtracinėmis savybėmis, o aukštupyje ir ypač vidurupyje vyrauja nenuotakios plokščios priemolingos lygumos. Miškingumas tik 20 %. Baseine yra tik du ežerai.

• Mituva, įtekanti į Nemuną ties Jurbarku. Baseinas plyti Karšuvos žemumoje, tęsiasi iš rytų į vakarus, lygiagrečiai Nemunui. Baseino paviršiuje arba po plonu smėlio sluoksniu vyrauja sunkios mechaninės sudėties gruntai. Baseino upių tinklas yra tankiausias Lietuvoje – 1,52 km/km². Takoskyrose yra pelkių; didžiausia iš jų – Laukėsos pelkė (apie 20 km²), kuria eina takoskyra tarp Mituvos ir Jūros baseinų. Didžiausi miškų masyvai taip pat yra tarpupiuose, daugiausia tarp Mituvos ir Šventosios. Ežerų nėra, tvenkinių mažai (bendras plotas tik 0,88 km²). Baseino metinio nuotėkio hidromodulis kinta nuo 6,2 iki 7,1 l/s iš km², vidutinis debitas Mituvos žiotyse – 5 m³/s.

• Gėgė, įtekanti į Nemuno deltą, Rusnės atšaką. Ji teka Nemuno salpa, o jos didžiųjų intakų – Vilkos ir Kamonos – aukštupiai drenuoja Pajūrio žemumos pietinį pakraštį. Baseinas labai kanalizuotas (apie 85 % suminio vagų ilgio). Jame yra daug mažų salpinių ežerėlių.

• Šyša, įtekanti į Nemuno deltą, Atmatos atšaką. Vidutinis metinis nuotėkio hidromodulis – apie 12 l/s iš km², vidutinis debitas Šyšos žiotyse – apie 4,7 m³/s.

     Nemuno mažųjų intakų  pabaseinio pagrindinės upės: