Pagrindinė baseino dalis yra Pajūrio žemumoje, aukštupys - Žemaičių aukštumoje. Baseino upių tinklo tankumas - 0,95 km/km2 - yra artimas Lietuvos vidurkiui. Ežerų palyginti nedaus (39), vidutinis baseino ežeringumas 0,6 %. Ežeringiausias yra Babrungo baseinas (ežerai užima 5,5 % baseino ploto), kuriame yra Platelių ežeras (12 km2). Miškingumas - apie 21 %. Pelkės užima apie 5 % baseino ploto (daugiausiai tai aukštapelkės), šlapios žemės - net 58 %. Svarbiausios pelkės - Reiskių Tyras (8,75 km2) ir Aukštumalė (apie 30 km2).

     Minijos baseino vidutinis metinio nuotėkio hidromodulis siekia net 13,1 l/s iš km2, Minijos aukštupyje jis kiek mažesnis (11,8 l/s iš km2), o Veiviržo baseine siekia net 14,3 l/s iš km2. Vidutinis Minijos debitas žiotyse – apie 38,5 m3/s. Bet ne visas Minijos vanduo suteka į Nemuno deltos atšakas: 18,4 km atstumu nuo žiočių nuo Minijos atsišakoja Klaipėdos kanalas, žemiau Minijos kaimo – protaka, įtekanti į Krokų Lankų ežerą, o dar viena atšaka įteka tiesiai į Kuršių marias.

     Minijos pabaseinio pagrindinės upės: