Įvairių naujos vandens politikos sričių įgyvendinimo funkcijos paskirstytos tarp Aplinkos ministerijos ir kitų jai pavaldžių institucijų. Požeminio vandens sritis – Lietuvos geologijos tarnybai, hidrologiniai aspektai – Hidrometeorologijos tarnybai, saugomų teritorijų aspektai – Valstybinei saugomų teritorijų tarnybai, vietinis informacijos rinkimas UBR analizių, problemų identifikavimo tikslams bei UBR priemonių programų ir valdymo planų įgyvendinimo kontrolė – Regionų aplinkos apsaugos departamentams (RAAD). Visos minėtos institucijos, vykdydamos savo funkcijas, padeda Agentūrai rengti bei įgyvendinti UBR priemonių programas ir valdymo planus.
Kitos valstybinės įstaigos įstatymų nustatyta tvarka teikia informaciją, reikalingą UBR priemonių programoms ir valdymo planams parengti.
2005 m. siekiant užtikrinti koordinavimą ir bendradarbiavimą tarp skirtingų institucijų kiekvienam upių baseinų rajonui sudaryta po koordinavimo tarybą. Tarybų narius sudaro pagrindines interesų grupes atstovaujantys vyriausybinių ir nevyriausybinių įstaigų atstovai. Pagrindinis koordinavimo tarybų uždavinys – suderinti valstybės, savivaldybių institucijų ir visuomeninių organizacijų interesus rengiant ir įgyvendinant UBR priemonių programas ir valdymo planus.
Administracinė valdymo sistema
2015-09-23 Upių baseinų valdymo skyrius tel.: +370 70662016
Aplinkos apsaugos agentūra (Agentūra) Lietuvoje yra atsakinga už visų keturių upių baseinų rajonų (UBR) administravimą. Agentūra organizuoja, koordinuoja ir vykdo UBR valdymo planų ir priemonių programų rengimą. Agentūra yra atsakinga už: UBR išskyrimą; labai pakeistų, dirbtinių bei kitų paviršinių (upių ir ežerų) vandens telkinių išskyrimą; informacijos saugomų teritorijų registrui rinkimą ir registro tvarkymą; etaloninių sąlygų upėse ir ežeruose nustatymą; žmogaus veiklos poveikio ežerams ir upėms vertinimą; ežerų ir upių vertinimo sistemos suformavimą, būklės vertinimą bei vandensaugos tikslų nustatymą; ežerų ir upių monitoringą (rengia monitoringo programas, koordinuoja monitoringą, analizuoja laboratorijose sudėtingesnius junginius); visuomenės informavimą ir konsultavimą, ataskaitų Europos Komisijai teikimą taip pat Kuršių marių ir Baltijos jūros būklės vertinimo ir valdymo sritis.