Nemuno UBR priskiriami ir Lietuvos tarpiniai bei priekrantės vandenys.
Tarpiniams vandenims priklausanti šiaurinė Kuršių marių dalis apie užima 175 km2, o centrinė Kuršių marių dalis – apie 221 km2. Šių telkinių krantų linijos sudaro atitinkamai 76 km ir 60 km. Kuršių marių vandenų išplitimo Baltijos jūroje zona,  kurioje, esant tam tikroms klimatinėms sąlygoms, maišosi druskėtas Baltijos jūros ir  gėlas Kuršių marių vanduo, užima apie 112,98 km2, o kranto ilgis yra 28,8 km.  Priekrantės vandenys užima 114,7 km2 teritoriją (1 jūrmylės atstumu nuo kranto).  Bendras šių vandenų kranto ilgis yra apie 60 km.  Klaipėdos sąsiauris priskiriamas labai pakeistų vandens telkinių (LPVT) grupei. Jame koncentruojasi Klaipėdos valstybinio jūrų uosto veikla. Natūralus krantas rytinėje dalyje ir didžiojoje dalyje vakarinio kranto yra pakeistas uosto krantinėmis. Sąsiaurio hidrodinaminis ir nešmenų transporto režimas yra pakeistas pastačius ir vėliau rekonstravus uosto vartus, taip pat – nuo 1925 metų vykdant uosto akvatorijos gilinimo darbus, dėl kurių pasiektas 14 m gylis. Dėl šių priežasčių Klaipėdos sąsiauris priskirtas LPVT. Klaipėdos sąsiaurio ribomis laikomos fizinės  geografinės telkinio ribos – nuo uosto vartų iki Kiaulės nugaros. Vandens telkinių užimamų plotų ir besiribojančios kranto linijos ilgis pateiktas lentelėje.