Merkys yra dešinysis Nemuno intakas ir yra ilgiausia Pietryčių Lietuvos upė. Merkio aukštupys Baltarusijoje drenuoja Ašmenos aukštumos pakraštį, kai kurie dešinieji intakai – Dzūkų aukštumos papėdes, bet didžioji baseino dalis plyti smėlingose Dainavos ir Vokės-Merkio vidurupio lygumose.
Kadangi paviršiuje paplitę smėliai (jie dengia 67 % baseino ploto), auga pušynai (miškingumas apie 40 %). Didžiausi miškų masyvai – Rūdinkų ir Gudų girios. Baseine yra 175 ežerai didesni kaip 0,5 ha (ežeringumas 0,9 %). Ežeringiausias yra dešiniojo Merkio intako Varėnės baseinas (ežeringumas 2,6 %), kuriame yra Daugų ežerynas. Didžiausi ežerai: Daugų (9,54 km2), Nedzingis (3,16 km2), Didžiulis (1,92 km2), Lavysas (1,62 km2), Glėbas (1,36 km2), Lielukas (1,14 km2), Suvingis (1,09 km2), Grūda (1,03 km2). Pelkės sudaro 10 % baseino ploto. Didžiausios pelkės: Čepkelių raistas (58,6 km2), Rūdninkų pelkė (5 km2), Kernavės pelkė (9 km2). Baseine vyrauja vandeniui laidūs gruntai.
Merkio pabaseinio pagrindinės upės:
|
Upė |
Vyresnė upė |
||||
|
|
|
||||
|
Merkys |
Nemunas |
||||
|
|
|
||||
|
Lukna |
Merkys |
||||
|
Šalčia |
Merkys |
||||
|
|
|
||||
|
Spengla |
Merkys |
||||
|
Verseka |
Merkys |
||||
|
Varėnė |
Merkys |
||||
|
Amarnia |
Merkys |
||||
|
Ūla-Pelesa |
Merkys |
||||
|
|
|
||||
|
Grūda |
Merkys |
||||
|
Šalčykščia |
Šalčia |
||||
|
|
|
||||
|
Visinčia |
Šalčia |
||||
|
Nočia |
Ūla-Pelesa |
||||
|
|
|
||||
|
Skroblus |
Merkys |
||||
