Paviršinių vandens telkinių būklės vertinimą reglamentuoja Paviršinių vandens telkinių būklės nustatymo metodika, patvirtinta Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2007 m. balandžio 12 d. įsakymu Nr. D1-210 „Dėl Paviršinių vandens telkinių būklės nustatymo metodikos patvirtinimo“. Paviršinių vandens telkinių būklė vertinama pagal vandens kokybės elementų rodiklių verčių nuokrypius nuo etaloninių (natūralių, žmogaus ūkinės veiklos nepaveiktų) sąlygų. Vandens telkiniai pagal gamtines savybes yra suskirstyti į tipus. Vandens telkinių suskirstymas į tipus ir tipų etaloninės sąlygos yra nustatyti Paviršinių vandens telkinių tipų apraše ir Paviršinių vandens telkinių tipų etaloninių sąlygų apraše, patvirtintuose Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2005 m. gegužės 23 d. įsakymu Nr. D1-256 „Dėl Paviršinių vandens telkinių tipų aprašo ir Paviršinių vandens telkinių tipų etaloninių sąlygų aprašo patvirtinimo".
Paviršinio vandens telkinio būklė vertinama pagal ekologinę būklę (dirbtinių ir labai pakeistų vandens telkinių – ekologinį potencialą) ir pagal cheminę būklę. Vandens telkinio būklė nustatoma pagal prastesnę iš jų, klasifikuojant į dvi klases: gerą arba neatitinkančią geros būklės.
Ekologinės būklės vertinimas. Paviršinių vandens telkinių ekologinė būklė vertinama pagal fizikinių-cheminių, hidromorfologinių ir biologinių kokybės elementų rodiklius. Ekologinė būklė skirstoma į penkias klases – labai gerą, gerą, vidutinę, blogą ir labai blogą.
Cheminės būklės vertinimas. Paviršinių vandenų cheminės būklės vertinimo kriterijai yra Nuotekų tvarkymo reglamento, patvirtinto Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2006 m. gegužės 17 d. įsakymu Nr. D1-236 (Žin., 2006, Nr. 59-2103; 2010, Nr. 59-2938, 2011, Nr. 39-1888), 1 priede ir 2 priedo A dalyje nurodytų medžiagų aplinkos kokybės standartai paviršiniuose vandenyse, didžiausios leidžiamos koncentracijos vandens telkinyje-priimtuve.
Upių, ežerų ir tvenkinių biologinių, fizikinių-cheminių vandens kokybės elementų rodiklių vidutiniai metų duomenys ir būklės įvertinimas pateikiami rubrikose: Upių būklė ir Ežerų ir tvenkinių būklė.
Upių, ežerų ir tvenkinių būklės vertinimo schema
Tarpinių ir priekrantės vandenų ekologinė būklė vertinama pagal biologinius kokybės elementus – fitoplanktono taksonominę sudėtį, gausumą ir biomasę, gaubtasėklių ir makrodumblių taksonominę sudėtį ir gausumą, zoobentoso taksonominę sudėtį ir gausą ir ichtiofaunos taksonominę sudėtį ir gausą (taikoma tik tarpiniams vandenims).
Fitoplanktono taksonominės sudėties, gausumo ir biomasės vertinimo rodiklis yra vidutinės vasaros chlorofilo „a“ vertės ekologinės kokybės santykis (EKS), kuris apskaičiuojamas vadovaujantis Lietuvos Respublikos aplinkos apsaugos normatyviniu dokumentu LAND 69-2005 „Vandens kokybė. Biocheminių parametrų matavimas. Spektrometrinis chlorofilo „a“ koncentracijos nustatymas“, patvirtintu Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2005 m. gruodžio 28 d. įsakymu Nr. D1-648 (Žin., 2006, Nr. 53-123). Chlorofilo „a“ kiekis yra svarbi fitoplanktono fotosintetinio aktyvumo charakteristika, pagal kurią vertinamas telkinių trofiškumo lygis.
Gaubtasėklių ir makrodumblių taksonominės sudėties ir gausumo vertinimo rodikliai yra šakotojo banguolio Furcellaria lumbricalis ((Hudson) J. V. Lamouroux ir kt.) ir plūdinių (potameidų) maksimalaus paplitimo gylio EKS. Rodiklių EKS apskaičiuojami vadovaujantis Lietuvos Respublikos aplinkos apsaugos normatyviniu dokumentu LAND 91-2011 „Vandens kokybė. Bendrieji reikalavimai makrofitų tyrimams Baltijos jūroje ir Kuršių mariose“, patvirtintu Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2011 m. birželio 30 d. įsakymu Nr. D1-534 (Žin., 2011, Nr. 88-4211). Raudondumblis Furcellaria lumbricalis yra vienintelė daugiamečių makrodumblių rūšis, formuojanti buveines Lietuvos šiaurinėje priekrantėje. Šis rodiklis naudojamas šiaurinės Baltijos jūros priekrantės ir Kuršių marių vandenų išplitimo Baltijos jūroje zonos ekologinei būklei vertinti. Rodiklis atspindi ne tik ne tik eutrofikacijos poveikį, tačiau ir hidrodinamines sąlygas Lietuvos priekrantėje. Vertinant Kuršių marių ekologinę būklę atsižvelgiama į maksimalų plūdinių (potameidų) paplitimo gylį. Dažniausiai Kuršių mariose sutinkamos patameidų rūšys: šukinė plūdė (Potamogeton pectinatus), permautalapė plūdė (Potamogeton perfoliatus). Šių hidrofitų (vandens augalai, kurių stiebo apatinė dalis yra vandenyje, o šaknys įsitvirtina į dugną) paplitimas parodo šviesos prasiskverbimo gylį, kuris sumažėja dėl eutrofikacijos ir vandens stulpe pakibusių organinių ir mineralinių medžiagų.
Zoobentoso taksonominės sudėties ir gausos įvertinimo rodiklis yra zoobentoso vidutinio rūšių skaičiaus mėginyje EKS, kuris apskaičiuojamas vadovaujantis Lietuvos Respublikos aplinkos apsaugos normatyviniu dokumentu LAND 57-2003 „Makrozoobentoso tyrimo metodika paviršinio vandens telkiniuose“, patvirtintu Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2003 m. gruodžio 24 d. įsakymu Nr. 708 (Žin., 2004, Nr. 53-1827).
Ichtiofaunos taksonominės sudėties ir gausos vertinimo rodiklis yra gružlio (Gobio gobio L.) vidutinio gausumo EKS. Rodiklis kol kas taikomas tik centrinės Kuršių marių dalies ekologinei būklei vertinti.
Fizikinių-cheminių kokybės elementų vertinimo rodikliai yra vasaros bendrasis azotas (Nb), bendrasis fosforas (Pb) ir vandens skaidrumas (tik priekrantės vandens telkiniams).