Lietuvoje yra 89 % viso Mūšos ilgio ir 97 % viso jos baseino ploto. Mūšos versmės yra Tyrelio pelkėje, beveik visas baseinas plyti Mūšos-Nemunėlio žemumoje. Baseino paviršių dengia plonas (kai kur tik 1-2 m) dugninės morenos-limnoglacialinių darinių kompleksas, po kuriuo slūgso dolomitai ir gipsai, kuriuos vanduo tirpina ir vyksta karstiniai procesai. Upių pakrantėse šios uolienos atsidengia.

     Baseino ežeringumas siekia tik 0,5 %, tačiau yra gana didelių ežerų, iš kurių didžiausi – Rėkyva (11,7 km2), Suosa (1,98 km2) ir Viešintas (taip pat 1,98 km2). Iš viso baseine yra 38 ežerai, didesni kaip 0,5 ha, tačiau į šį skaičių neįtraukti maži karstiniai ežerėliai, kurių daugiausiai yra Tatulos baseine ir Tatulos-Apaščios tarpupyje. Pelkės užima apie 5 % baseino ploto, bet didžiausi masyvai yra upių takoskyrose, todėl jų priskyrimas Mūšos baseinui yra sąlyginis. Didžiausi pelkių masyvai – Rėkyvos ežerą supančios pelkės (34 km2), Mūšos Tyrelis (25 km2), Šepeta (16,5 km2), Notigalė (8 km2).

     Metinio nuotėkio hidromodulis didžiojoje baseino dalyje yra nuo 5,6 iki 5,9 l/s iš km2, tačiau yra skirtumų: pačios Mūšos baseine iki Lėvens jis yra tik 4,6 l/s iš km2, o Lėvens, Pyvesos ir Tatulos baseinuose – 5,8 l/s iš km2. Mūšos vidutinis metinis debitas ties pasieniu yra apie 23 m3/s.

     Mūšos pabaseinio pagrindinės upės: