Jūros versmės yra Rietavo lygumoje, aukštupyje ji teka vakariniais Žemaičių aukštumos šlaitais, po to pasuka į Karšuvos žemumą, o pačiam žemupyje kerta Vilkyškių moreninį kalvagūbrį. Aukštupyje ir vidurupyje apie 80 % baseino paviršiaus dengia vidutinio sunkumo priemoliai, žemupio link padaugėja sunkių priemolių ir molių dengiamų plotų, 10 % baseino ploto užima smėlio salos. Baseino miškingumas yra apie 17 %, pelkėtumas – apie 5 %. Vidutinis baseino upių tinklo tankumas 1,19 km/km2, bet skirtingose baseino dalyse skiriasi: Šunijos baseine – net 1,68 km/km2, Aitros – tik 0,81 km/km2. Baseino ežeringumas itin mažas – tik 0,04 % (iš viso yra 20 ežerų, didesnių kaip 0,5 ha, o jų bendras plotas 1,75 km2). Tvenkiniai užima daug didesnų plotą – apie 16 km2.

     Vidutinis Jūros baseino metinis nuotėkio hidromodulis yra 9,6 l/s iš km2, vandeningiausias yra Jūros aukštupys (13,8 l/s iš km2), mažiausias vandeningumas yra Jūros intako Šešuvio baseine (8,2 l/s iš km2). Vidutinis debitas Jūros žiotyse – apie 38 m3/s.

Jūros pabaseinio pagrindinės upės: