Šie pakeitimai padaryti siekiant geros ekologinės Lietuvos upėse, kaip nustato Vandens įstatymas ir ES direktyva 2000/60/EB. Šiuo metu net pusė upių neatitinka geros ekologinės būklės, kuri didele dalimi nulemta praeityje melioracijos tikslais intensyviai vykdyto upių vagų tiesinimo - daugiau kaip 40 proc. šalies upių yra ištiesinta. Tiesios vagos dėl monotoniškai vienodų buveinių pasižymi skurdžia bioįvairove. Apraše nustatyta tvarka leis geriau suderinti žemės ūkio ir aplinkosaugos poreikius - po truputį vis didesniu mastu gerinti tiesintų vagų ekologinę būklę tuo pačiu užtikrinant tinkamas ūkininkavimui drenavimo sąlygas.

Pakeistame Apraše nustatyta, kad kai planuojami tvarkymo darbai sureguliuotos upės vagoje ar atskiruose jos ruožuose, kurių bendras ilgis daugiau kaip 2,5 km, arba daugiau kaip 1,2 km, jeigu ši upė yra įrašyta į Rizikos vandens telkinių sąrašą, reikia parengti melioracijos statinio projekto aplinkosauginę dalį (toliau - aplinkosauginė dalis) pagal melioracijos techninio reglamento MTR 1.05.01:2005 „Melioracijos statinių projektavimas" (toliau - MTR 1.05.01:2005) reikalavimus. Aplinkosauginėje dalyje turi būti taikomos ne mažiau kaip trys iš MTR 1.05.01:2005 VI¹ skyriuje nurodytų priemonių:

• sureguliuotos upės vagoje, jos pakrantėje ar ties drenažo žiotimis įrengti dirbtinę šlapynę;
• sureguliuotos upės vagoje ir (ar) jos krantuose suformuoti įtvirtintų akmenų, nuovartų ar rąstų stabilius metinius, sudarančius geresnes vandens aeracijos sąlygas ir sukuriančius meandruojančius upės ruožus, kurie pagal atliktus hidraulinius skaičiavimus sureguliuotos upės vagos parametrams parinkti nenaikina, nepatvenkia vandens pralaidų, greitviečių, drenažo žiočių ir nesutrikdo melioracijos sistemos tinkamo veikimo;
• sureguliuotų upių ruožuose numatyti kitas sureguliuotų upių vagų ar jų ruožų renatūralizavimo priemones: vingių, mažų įlankų ar užutėkių, dugno gylio ir upės vagos skerspjūvio kaitos, biofiltrų, dirbtinių salpų suformavimą. Šios priemonės turi būti parenkamos ir projektuojamos atsižvelgiant į hidraulinius skaičiavimus, užtikrinant tokias priemones ir jų parametrus, kurie nenaikina, nepatvenkia vandens pralaidų, greitviečių ir (ar) drenažo žiočių ir nesutrikdo melioracijos sistemos tinkamo veikimo;
• iš vienos ar abiejų sureguliuotos upės vagos pusių suformuoti salpą, atitraukiant šlaitus toliau nuo upės vagos;
• įrengti kontroliuojamo drenažo nuotėkio sistemas.

Melioracijos statinio projekto aplinkosauginė dalis teikiama derinti:

• Aplinkos apsaugos agentūrai, kai tvarkomas sureguliuotos upės ruožas nėra saugomoje teritorijoje;
• Saugomos teritorijos direkcijai, kai tvarkomas sureguliuotos upės ruožas yra saugomoje teritorijoje.

Aplinkos apsaugos agentūra arba saugomos teritorijos direkcija per 10 darbo dienų pateikia išvadą dėl pritarimo melioracijos statinio projekto aplinkosauginei daliai arba motyvuotą nuomonę dėl nepritarimo numatytiems darbams, jeigu aplinkosauginė dalis neatitinka Aprašo II¹ skyriaus ir MTR 1.05.01:2005 VI¹  skyriaus reikalavimų ir per 2 darbo dienas informuoja Aplinkos apsaugos departamentą prie Aplinkos ministerijos, jam pateikdama suderintos melioracijos statinio projekto aplinkosauginės dalies kopiją.

Kai planuojami tvarkymo darbai sureguliuotos upės vagoje ar atskiruose jos ruožuose, kurių bendras ilgis nuo 1,2 km iki 2,5 km, ne vėliau kaip prieš 3 darbo dienas iki darbų vykdymo pradžios Aplinkos apsaugos departamentui prie Aplinkos ministerijos reikia pateikti (raštu arba el. paštu) šią informaciją:

• planuojamų tvarkymo darbų pradžios datą ir darbų vykdymo trukmę;
• planuojamus atlikti tvarkymo darbus, sureguliuotos upės pavadinimą, identifikavimo kodą, nurodytą Lietuvos Respublikos upių ežerų ir tvenkinių kadastre, koordinates pagal LKS-94 koordinačių sistemą, vietovės adresą;
• planuojamo tvarkyti sureguliuotos upės ruožo ilgį (km) ar kelių jos ruožų bendrą ilgį (km), pakrantės apsaugos juostos plotį (m);
• darbų užsakovo kontaktinę informaciją (fizinio ar juridinio asmens vardas, pavardė / pavadinimas, gyvenamosios vietovės / buveinės adresas, telefono numeris, elektroninio pašto adresas).

Atliekant sureguliuotos upės tvarkymo darbus ir rengiant melioracijos statinio projekto aplinkosauginę dalį, turi būti laikomasi Aprašo II¹ skyriaus 24⁵ punkto reikalavimų:

• saugotini želdiniai tvarkomi Aprašo 10 [1] p. nustatyta tvarka;
• iškastas dugno nuosėdas draudžiama sandėliuoti sureguliuotos upės pakrantės apsaugos juostoje. Jei pakrantės apsaugos juosta nenustatyta, iškastos dugno nuosėdos sandėliuojamos ne arčiau kaip 5 m nuo pakrantės šlaito viršutinės briaunos;
• iškastos dugno nuosėdos gali būti naudojamos pažeistos upės pakrantės apsaugos juostos atstatymui jas suariant, sulėkščiuojant ar paskleidžiant iki 10 cm storio sluoksniu ne vėliau kaip per 15 darbo dienų pabaigus dugno nuosėdų pašalinimo darbus;
• pažeista upės pakrantės apsaugos juosta atkuriama apsėjant daugiamečių žolių mišiniu;
• pašalinus medžius sureguliuotų upių šlaituose ir sureguliuotų upių pakrančių apsaugos juostose, paliekami kelmai;
• šienavimo ir nesaugotinų medžių ir krūmų šalinimo darbai sureguliuotų upių šlaituose ir pakrančių apsaugos juostose gali būti vykdomi be aplinkosauginių apribojimų, išskyrus Aprašo 2.6 [2] p. numatytus atvejus.

[1] 10. Vykdant pakrantės tvarkymo darbus ir (ar) tvarkant prie kranto esančią vandens telkinio dugno dalį, augalija gali būti šalinama ir įveisiama vadovaujantis Lietuvos Respublikos saugomų teritorijų įstatymo, Lietuvos Respublikos laukinės augalijos įstatymo, Lietuvos Respublikos saugomų gyvūnų, augalų ir grybų rūšių įstatymo, Specialiųjų žemės ir miško naudojimo sąlygų, patvirtintų Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1992 m. gegužės 12 d. nutarimu Nr. 343 „Dėl Specialiųjų žemės ir miško naudojimo sąlygų patvirtinimo", Lietuvos Respublikos želdynų įstatymo ir jų įgyvendinamųjų teisės aktų nuostatomis. Medžiai ir krūmai saugotiniems priskiriami vadovaujantis Kriterijais, pagal kuriuos medžiai ir krūmai, augantys ne miškų ūkio paskirties žemėje, priskiriami saugotiniems, patvirtintais Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2008 m. kovo 12 d. nutarimu Nr. 206 „Dėl Kriterijų, pagal kuriuos medžiai ir krūmai, augantys ne miškų ūkio paskirties žemėje, priskiriami saugotiniems, patvirtinimo ir medžių ir krūmų priskyrimo saugotiniems". Saugotini želdiniai tvarkomi Saugotinų medžių ir krūmų kirtimo, persodinimo ar kitokio pašalinimo atvejų, šių darbų vykdymo ir leidimų šiems darbams išdavimo, medžių ir krūmų vertės atlyginimo tvarkos aprašo, patvirtinto Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2008 m. sausio 31 d. įsakymu Nr. D1-87 „Dėl Saugotinų medžių ir krūmų kirtimo, persodinimo ar kitokio pašalinimo atvejų, šių darbų vykdymo ir leidimų šiems darbams išdavimo, medžių ir krūmų vertės atlyginimo tvarkos aprašo patvirtinimo", nustatyta tvarka.

[2] 2.6. vykdant vandens telkinio tvarkymo darbus valstybiniuose parkuose, valstybiniuose draustiniuose, valstybiniuose ar biosferos rezervatuose, rezervatinėse apyrubėse, valstybinių parkų ir valstybinių rezervatų buferinės apsaugos zonose, biosferos poligonuose, atkuriamuosiuose ir genetiniuose sklypuose, gamtos paveldo objektuose, Europos ekologinio tinklo „Natura 2000" teritorijose (toliau - Saugomos teritorijos), jeigu tai numatyta šių teritorijų tvarkymo ar gamtotvarkos planuose, arba vykdant vandens telkinio tvarkymo darbus, numatytus saugomų rūšių apsaugos ir veiksmų planuose.