Pastarųjų 10 metų laikotarpio tyrimų duomenys rodo, kad Kuršių marių ekologinė būklė dažniausiai yra vidutinė-labai bloga. Tokius rezultatus daugiausiai lemia bendrojo azoto koncentracijos, kurios didžiausios yra centrinėje Kuršių marių dalyje ir rodo iš Nemuno baseino atkeliaujančios daugiausiai žemės ūkio taršos poveikį. Atskirais metais ekologinė būklė kinta priklausomai nuo Nemuno nuotėkio ir klimatinių sąlygų: lietingesniu periodu į marias išplaunama daugiau maistingųjų medžiagų, o šiltesnėmis vasaromis stebimi intensyvesni vandens žydėjimo procesai. Reikia pažymėti, kad reikšmingas yra ir Nemunu atkeliaujančios tarptautinės taršos indėlis į bendrojo azoto ir fosforo apkrovas, kuris yra atitinkamai 29 ir 37 procentai.

Pagrindinė problema Kuršių mariose ir visoje Baltijos jūroje – eutrofikacija, prie kurios mažinimo prisideda visos aplink Baltijos jūrą esančios šalys. Lietuva, Baltijos jūros būklei gerinti įgyvendina 2017-2023 m. laikotarpiui numatytas priemones, kurių poveikis bus matomas tik vėliau. Per ilgus dešimtmečius Baltijos jūroje ir Kuršių mariose yra susikaupę dideli maistingųjų medžiagų kiekiai, kuriems sumažinti reikia daugiau laiko.